灰指甲是一种常见的指甲真菌感染，需要使用抗真菌药物进行治疗。首先，清洁受感染的指甲，每周使用1-2次。然后，涂抹含有抗真菌成分的药膏。请注意，如果您有任何慢性疾病、过敏史或肝肾功能异常，应在使用药物前咨询医生。

可以在泡脚后涂抹药膏。至于脚趾发黑，可能是由于跑步时脚趾受力引起的，也可能是灰指甲的症状加重。建议您去医院进行专业检查。同时，为了预防灰指甲的传播，避免共用生活日用品，勤洗手、洗脚，穿宽松透气鞋，做家务时戴手套，避免接触化学洗剂。

不建议使用酒精棉代替清洁棉。您可以在药店或网上搜索购买清洁棉。