根据您的描述，您的维生素D水平确实偏低。孕期维生素D缺乏可能会影响胎儿的骨骼发育。医生给您开的钙片中已经含有维生素D，所以您不需要再额外服用2000单位的维生素D3。每天服用一到两粒钙片即可。请注意，长期过量服用维生素D3可能会导致中毒，出现骨关节疼痛、肿胀、皮肤瘙痒等症状。因此，按医嘱和说明书使用药物非常重要。

一般情况下，维生素D3的补充可以持续三个月左右。但是，具体的用药时间需要根据您的身体状况和医生的建议来确定。关于副作用，长期过量服用维生素D3可能会导致中毒，早期表现为骨关节疼痛、肿胀、皮肤瘙痒等。因此，按医嘱和说明书使用药物非常重要。