首先，甲状腺肿大伴呼吸困难可能是由于多种原因引起的，包括甲状腺功能亢进、甲状腺炎、甲状腺肿瘤等。对于16岁的患者，需要结合具体情况进行判断。消炎药可能对某些原因引起的甲状腺肿大有效，但并非所有情况都适用。建议您到医院进行详细检查，明确病因后再进行治疗。同时，避免自行使用甲巯咪唑乳膏等药物，因为目前尚无本品在儿童患者的研究资料。

在等待就诊的过程中，避免剧烈运动和过度劳累，保持良好的休息和饮食习惯。同时，注意观察症状的变化，如呼吸困难加重、吞咽困难等，应及时就医。另外，遵循医生的治疗方案，按时服药，定期复查。