首先，咪喹莫特乳膏的常见副作用包括局部皮肤反应。使用时应注意用药安全，避免过量使用。每周3次，临睡前用药，涂抹一薄层于疣体部位，轻轻按摩直到药物完全吸收，并保留6-10小时。用药后局部有轻度红斑者，可不必停药而持续使用。

破损的地方先使用百多邦进行治疗，恢复后再使用咪喹莫特乳膏。同时，避免搔抓，以免引起皮肤破损，造成感染；注意清洁，保持局部干爽。