经颅磁刺激仪可以通过磁疗调节大脑神经递质的释放，改善大脑的神经活动节律，缓解失眠症状。同时，耳后电疗和肢体电疗也能刺激神经末梢，辅助改善睡眠质量。

经颅磁刺激仪对焦虑和抑郁症也有一定的辅助治疗作用。它可以调节大脑边缘系统的神经活动，降低大脑的过度警觉状态，并促进神经递质的正常化，减少焦虑和抑郁相关的神经递质的异常释放。

经颅磁刺激仪在精神分裂症和帕金森病的治疗中也有一定的辅助作用。对于精神分裂症，它可以调节大脑的神经活动，改善幻觉、妄想等阳性症状和认知障碍等。对于帕金森病，经颅磁刺激仪可以促进多巴胺能神经元的功能恢复，改善运动症状。