纳他霉素和氟康唑滴眼液可以同时使用，它们没有相互作用。然而，两者的功效不同。纳他霉素主要针对细菌感染，而氟康唑滴眼液则是专门针对真菌感染的。由于您被诊断出真菌感染眼角膜溃疡，氟康唑滴眼液可能更适合您的病情。

纳他霉素主要用于治疗细菌感染，虽然在某些情况下可能对真菌感染有所帮助，但氟康唑滴眼液是专门针对真菌感染的药物，效果更为明显。您的医生可能考虑到您的病情需要更强的抗真菌治疗。