这两种中药都有清热解毒、滋阴润燥的作用，理论上可以同时服用，但具体情况还需要根据您的身体状况来判断。请问您有没有其他不适症状？

从您的描述来看，可能是由于胃火旺盛引起的口腔溃疡和消化不良，百合固金汤可以滋阴润燥，缓解口干舌燥的症状；黄连清胃丸则可以清热解毒，减轻胃火旺盛的症状。两者合用可以相互协同，提高疗效。建议饭后服用，如果有不适，可以分开服用。同时，保持良好的生活习惯，避免辛辣刺激性食物，多喝水，适当休息。