在肺炎的治疗期间，建议暂时避免食用益生菌。因为肺炎本身就是一种感染性疾病，益生菌可能会干扰到抗生素的效果，影响病情的恢复。等到肺炎完全恢复后再食用益生菌会更安全和有效。

在肺炎的恢复期，肠道的微生态环境可能会受到一定的影响。虽然益生菌可以帮助改善肠道健康，但仍然需要等到身体完全恢复后再食用。这样可以避免益生菌与抗生素之间的相互作用，确保身体的安全和健康。