甲硝唑栓主要用于治疗细菌性阴道病和滴虫性阴道炎，而小便疼痛可能是尿路感染引起的，需要使用针对该症状的药物。请问您是否有其他症状，例如尿频、尿急、尿痛等？

根据您的描述，可能是尿路感染引起的。建议您到医院就诊，进行相关检查和治疗。同时，多喝水，保持外阴清洁，避免性生活等可能加重感染的行为。

甲硝唑栓的使用方法是：晚上临睡前清洗外阴后，使用医用手指套将一枚0.5g的甲硝唑栓放入阴道后穹窿处，每日一次，连用7~10天。但请注意，甲硝唑栓不适合治疗小便疼，需要根据医生的建议选择合适的药物。