首先，感谢您提供的信息。对于甲状腺乳头状癌术后和扁平疣的治疗，转移因子胶囊可以在医生指导下使用。建议每次1到2粒，每日2到3次。使用前请详细阅读说明书，排除过敏及用药禁忌后遵医嘱。如有任何不适，及时线下就诊。同时，建议您保持良好的生活习惯，避免过度疲劳，注意饮食营养，多吃新鲜蔬菜和水果，适当进行户外活动，增强身体免疫力。

通常建议使用2周至1个月，具体疗程请根据医生指导。另外，需要注意的是，扁平疣的治疗需要耐心和恒心，除了药物治疗外，也可以考虑其他治疗方法，如冷冻疗法、激光治疗等。同时，保持良好的个人卫生习惯，避免与他人共用毛巾、衣物等，减少传播风险。