肩膀酸疼可能是由于肌肉疲劳或风湿等因素引起的。建议您可以尝试使用云南白药膏进行外用缓解，同时也可以考虑口服盐酸氨基葡萄糖胶囊来修复肩膀关节和软骨。

盐酸氨基葡萄糖胶囊与治疗甲亢的药物不冲突。请注意，使用任何药物前都应详细阅读说明书，排除过敏及用药禁忌后遵医嘱。如有任何不适，及时线下就诊。