首先，营养不良可能是由于多种原因引起的，包括不良的饮食习惯、消化吸收问题等。对于您的孩子，建议增加富含维生素D和钙的食物摄入，如鱼类、牛奶、豆制品等。同时，可以考虑补充维生素D和钙片。

通常情况下，维生素D和钙片可以在早餐后或随餐服用。直接吞服是可以的，晚上也可以服用。至于外皮，可能会含有明胶，具体要看产品说明。请注意，服用前最好先咨询医生或药师。

是的，早餐后服用可以帮助身体更好地吸收这些营养素。