根据您提供的信息，宝宝可能存在消化不良和肠道菌群失衡的情况。建议使用酪酸梭菌活菌散进行调理，口服一次半袋，一天2次，温开水冲服。同时，注意宝宝的护理，避免受凉，观察咳嗽情况，若有加重请及时就诊。

每天2-3次都是可以的，奶后吃药。偶尔的咳嗽可以先观察，若有加重请及时就诊。纯母乳喂养的宝宝可以喝温开水。另外，使用热布暖暖宝宝的囟门有一定的功效。

2周一个疗程。吃益生菌不影响打疫苗。