丙型肝炎病毒感染的临床表现多种多样。约40%－75％的急性HCV感染者可能不会出现任何不适症状，仅在血清ALT升高时被意外发现，通常是在求治其他疾病或体检时。对于那些有输血史或注射史的人群，医生可能会因为警惕性高而检测出抗-HCV阳性和ALT升高而发现感染。这种情况下，临床表现一般较轻，被称为亚临床型。有一半的患者可能会自行康复，但再次暴露于HCV后，仍有可能重新感染。

感染HCV后，患者可能会出现周身不适、乏力、食欲减退、偶有恶心等症状。少数患者可能会有肝区疼痛和黄疸等典型急性肝炎的症状，但总的来说，出现黄疸的病例很少，即使有黄疸也相对较轻。ALT的水平可能正常或仅轻度升高，部分患者的ALT可能会持续升高。根据ALT的变化情况，可以将丙型肝炎病毒感染分为三种类型：反复发作型、持续异常型和健康携带型。

反复发作型是典型的HCV感染表现，ALT高于正常值，在正常值上下反复波动，时高时低，缓解期时ALT可能恢复正常。肝活检结果显示，患者肝炎病变的严重程度不等。持续异常型的ALT呈持续性升高，但ALT的数值仅比正常值高1－2倍左右。肝活检同样显示病变轻重程度不等的慢性肝炎改变。健康携带型的ALT正常，肝活检可能正常或显示不同程度的慢性肝炎改变。由于健康携带者仍可能存在病毒血症，所以ALT正常并不能否定慢性丙型肝炎的可能。

部分病例可能与乙型肝炎病毒重叠感染，症状可能较单纯丙型肝炎感染重。感染的严重程度往往与输多份血、输血量大、输入的血中肝炎病毒复制活跃有关，接受血者有可能患急性肝坏死或亚急重型肝炎，预后差，病死率高。