宝宝在三个月大时出现睡觉摇头的情况，可能是由于多种原因引起的。

首先，维生素D或钙的缺乏可能是导致宝宝睡觉摇头的原因之一。维生素D对于宝宝骨骼和牙齿的发育至关重要，而钙则是维持骨骼强度的重要矿物质。缺乏这两种营养素可能导致宝宝出现佝偻病等疾病，从而引起睡眠不安和摇头等表现。

其次，湿疹也是宝宝睡觉摇头的一个常见原因。湿疹是一种常见的皮肤炎症，可能导致皮肤瘙痒和红肿。宝宝在夜间入睡后，由于湿疹引起的瘙痒感加剧，可能会通过摇头来缓解不适。

此外，癫痫等神经系统疾病也可能导致宝宝睡觉摇头。癫痫发作时，宝宝可能会出现突然的、不自主的身体动作，包括摇头。

为了预防和治疗宝宝睡觉摇头的情况，家长可以采取以下措施：

1. 确保宝宝摄入足够的维生素D和钙。可以通过母乳喂养、配方奶、维生素D补充剂等方式来满足宝宝对这些营养素的需求。

2. 注意宝宝的皮肤护理，避免湿疹等皮肤问题的发生。保持宝宝皮肤清洁、干燥，避免过度摩擦和刺激。

3. 如果怀疑宝宝患有癫痫或其他神经系统疾病，应及时就医，寻求专业医生的帮助。

总之，宝宝睡觉摇头可能是由多种原因引起的，家长需要仔细观察宝宝的症状，并及时寻求医生的帮助，以确保宝宝的健康。