先天性小眼球合并眼眶囊肿是一种较为罕见的眼部疾病，它主要由眼球发育异常和眼眶囊肿组成。为了确诊该疾病，医生会采取一系列的检查方法，以下是一些常见的检查方法：

1. 病理学检查：病理学检查是诊断先天性小眼球合并眼眶囊肿的重要手段。通过病理学检查，医生可以了解小眼球的发育程度、眼眶囊肿的大小、形态以及囊壁的病理特征等。病理学检查结果对于制定治疗方案具有重要意义。

2. X线检查：X线检查可以显示眼球的大小、眼眶骨窝的形态以及眼眶内是否有软组织块影。对于先天性小眼球合并眼眶囊肿的患者，X线检查可以发现眼眶骨窝发育较小、患侧眶骨及视神经孔发育较小甚至缺如等异常情况。

3. 超声波检查：超声波检查可以明确显示眼球及小眼球的存在，并可以判断眼眶内是否存在囊肿。对于先天性小眼球合并眼眶囊肿的患者，超声波检查可以显示囊肿的大小、形态以及与眼球的关系等。

4. CT检查：CT检查可以清晰地显示眼球、眼眶以及邻近结构的形态和大小。对于先天性小眼球合并眼眶囊肿的患者，CT检查可以发现眼球缺如或眼环变小、眼眶发育异常、眼眶内囊肿等异常情况。

除了上述检查方法外，医生还可能根据患者的具体病情，选择其他检查方法，如磁共振成像（MRI）等。