新生儿真菌性肺炎是一种严重的呼吸系统疾病，需要综合治疗。治疗过程中，除了针对原发真菌感染进行抗真菌治疗外，还需要注意以下方面：

1. 全身支持治疗：包括人免疫球蛋白和血浆的应用，以增强机体免疫力。

2. 防止合并症：在治疗原发真菌感染的同时，要注意预防细菌和病毒感染。

3. 抗真菌治疗：氟康唑和两性霉素B脂质体是常用的抗真菌药物，可针对不同类型的真菌感染。

4. 停用激素和免疫抑制剂：真菌性肺炎的发生与激素和免疫抑制剂的使用有关，因此需及时停药。

5. 加强营养支持：真菌性肺炎对孩子的消耗很大，治疗过程中需要加强营养支持。

6. 保持水电平衡：多饮水，适当补充电解质，以维持水电平衡。

7. 输新鲜血液：必要时可输新鲜血液，以提高机体免疫力。

新生儿真菌性肺炎的治疗需要综合多方面的措施，家长和医生需要密切合作，才能确保患儿尽快康复。