小儿先天性外胚层发育不良综合征是一种罕见的遗传性疾病，目前病因尚不明确。为了降低该病的发生率，预防措施至关重要。以下是一些预防小儿先天性外胚层发育不良综合征的方法：

首先，做好婚前检查和遗传咨询是预防出生缺陷的重要措施。通过婚前体检，可以了解双方的遗传状况，评估生育风险，并针对高风险人群提供相应的遗传咨询。

其次，孕妇在孕期应尽量避免接触有害物质，如烟草、酒精、毒品、辐射等，以降低胎儿畸形的风险。

此外，孕期定期进行产检，如超声检查、血清学筛查等，有助于早期发现胎儿发育异常，及时采取措施。

产前诊断技术，如羊水穿刺、胎儿染色体检查等，可以帮助医生评估胎儿的遗传状况，为家庭提供更多选择。

最后，加强孕期保健，保持良好的生活习惯，如合理饮食、适度运动、保持心情舒畅等，也有助于降低胎儿畸形的概率。