小儿先天性甲状腺功能减低症（简称先天性甲减）是一种常见的内分泌疾病，需要与其他疾病进行鉴别诊断，以确保患儿得到及时、正确的治疗。

以下是一些常见的鉴别诊断疾病：

1. 21-三体综合征

21-三体综合征是一种常见的染色体异常疾病，患儿表现为智力低下、特殊面容、生长发育迟缓等。与先天性甲减相比，21-三体综合征患儿通常没有黏液性水肿、皮肤粗糙等症状，且染色体检查可发现21号染色体三倍体。

2. 软骨发育不全

软骨发育不全是一种遗传性疾病，患儿表现为四肢短小、头大、囟门大等。与先天性甲减相比，软骨发育不全患儿通常没有智力低下和甲状腺功能减退的症状，且骨骼X线检查可见特征性的骨骼畸形。

3. 先天性巨结肠

先天性巨结肠是一种肠道发育异常疾病，患儿表现为便秘、腹胀、生长发育迟缓等。与先天性甲减相比，先天性巨结肠患儿通常没有智力低下和甲状腺功能减退的症状，且钡剂灌肠检查可见典型的肠道扩张和痉挛。

4. 黏多糖病Ⅰ型

黏多糖病Ⅰ型是一种遗传性疾病，患儿表现为智力低下、生长发育迟缓、肝脾肿大等。与先天性甲减相比，黏多糖病Ⅰ型患儿通常有特殊面容、角膜混浊等表现，且血液检查可见特征性的酶活性降低。

5. 佝偻病

佝偻病是一种维生素D缺乏性疾病，患儿表现为生长发育迟缓、骨骼畸形等。与先天性甲减相比，佝偻病患儿通常没有智力低下和甲状腺功能减退的症状，且血液检查可见维生素D缺乏的表现。

总之，先天性甲减的鉴别诊断对于确保患儿得到及时、正确的治疗至关重要。医生会根据患儿的临床表现、血液检查和影像学检查结果，进行综合判断。