黏多糖贮积症Ⅵ型是一种罕见的遗传代谢病，其诊断和鉴别诊断对于患者的治疗和预后至关重要。

由于黏多糖贮积症Ⅵ型与其他一些疾病临床表现相似，因此需要进行鉴别诊断。主要依据患儿的临床特征和酶学检查进行鉴别。以下是一些需要与黏多糖贮积症Ⅵ型进行鉴别诊断的疾病：

1. 多发性硫酸脂酶缺陷症：该病临床表现与黏多糖贮积症有相似之处，但智力低下和神经系统症状出现更快，患者常有肝肿大和皮肤鱼鳞癣。实验室检查无黏多糖尿及细胞酶缺乏。

2. 全身性神经节脂苷沉积症：患儿在婴儿期即有严重的全身神经节脂苷沉积，智能发育迟缓，肌张力低下，肝脾肿大，皮肤黄斑和樱红点。

3. 甘露糖苷增多症：患者有精神、运动发育迟缓，听觉丧失，丑陋面容，肝脾肿大，肌张力低下，轻度的多发性骨发育不良。尿中有大量的甘露糖低聚糖，无黏多糖尿。

4. 岩藻糖病：患者面容丑陋，肝脾肿大，严重的精神、运动发育迟缓，多发性骨发育不良。尿中排泄含有低聚糖的岩藻糖，无黏多糖尿。

5. 天门冬酰氨葡萄糖尿症：容易与Hurler综合征及Hunter综合征相混淆，患者出生时正常，逐渐出现丑陋面容，肝脾肿大，尿中含有大量的天门冬酰氨葡萄糖。

6. 黏脂病：黏脂病Ⅰ型与Hurler综合征有许多共同之处，但黏脂病多数有肌阵挛性抽搐，肌肉萎缩，舞蹈病样手足徐动，眼球震颤，以及皮肤黄斑和樱红点。黏脂病Ⅱ型精神、运动发育迟缓发生较早，早期有牙龈增生，胸廓狭小，心瓣膜病多见。

7. Kneist综合征：临床表现与Morquio综合征相似，包括大头，鼻梁塌陷，腭裂，短颈，钟状胸，视网膜剥离，听力损害，腹外疝，肢体和躯干短小，弓形胫骨，脊柱后凸，关节强直等。患儿亦可有硫酸角质素尿，但无N-乙酰半乳糖苷-6-硫酸酯酶或β-半乳糖苷酶缺乏。