宝宝出生时有先天畸形，已在当地医院做过初步检查，想了解手术治疗的详细流程和费用估计。

根据您提供的信息，宝宝的先天畸形需要到大型综合医院进行详细的检查和评估。上海九院是国内较好的选择之一。手术前需要进行一系列的检查，包括影像学检查、心电图、血液检查等，以确保手术的安全性。手术本身的具体流程会根据具体情况而定。任何手术都有一定的风险，但我们的团队会尽力降低风险并确保手术的成功。术后也需要密切关注和适当的康复措施。根据以往的经验，先天畸形的手术治疗费用大约在六七万元左右。