孕妇在孕期检查中发现胎儿肠管回声增强，第一次检查时比较明显，第二次检查时有所减轻，担心是否存在消化道畸形的可能性。患者女性26岁

根据羊水穿刺和基因芯片检测结果正常，消化道畸形的可能性相对较小。建议进行胎儿磁共振检查以排除其他结构畸形的可能。同时，孕妇需要保持良好的心态和生活习惯，避免过度焦虑和压力，定期进行产前检查，及时发现并处理任何问题。