药物治疗可分为特异性治疗、半特异性治疗和非特异性治疗三类。

（1）非特异性治疗：由于特发性男性不育症的患者缺乏明确的病因，针对这部分患者往往采用经验性药物治疗。在药物治疗过程中应尽可能注重用药适应证和治疗时机的选择，如果准备进行经验性药物治疗，则药物使用的时间不应少于3～6个月，这样可以覆盖一个完整的精子生成周期。目前临床常用的经验性治疗药物如下：

1）抗雌激素类药物

2）雄激素治疗

3）抗氧化治疗

4）胰激肽释放酶

5）己酮可可碱

6）重组人生长激素

7）左旋肉碱 

8）其他药物：氨基酸、锌、硒、维生素A、前列腺素合成酶抑制剂等

（2）半特异性治疗：许多引起不育的疾病，机制尚未完全阐明，且缺乏正确的诊断方法，对这些疾病的治疗效果还未被肯定。代表性的半特异性治疗包括使用抗生素治疗男性附属性腺感染以及针对AsAb的治疗。

（3）特异性治疗：主要针对病因诊断明确的患者，如内分泌功能紊乱引起的男性不育等。通过针对病因的特异性治疗，多数治疗效果比较满意。