中医理论认为，婴儿肛瘘的病因主要与胎热瘀血滞结或孕母积热有关，导致生后受风邪缠绵于大肠或肛门湿寒气凝，怒叫气结聚于下而成痈肿，破溃成瘘。

现代医学则从多个角度解释了婴儿肛瘘的成因：

1. 小儿骶骨曲尚未形成，肛门内括约肌紧张度较弱，粪便易压迫肛管处齿线，导致细菌侵入致病；女孩因直肠前面有子宫压迫，发病低于男孩。

2. 小儿尿布皮炎刺激肛门周围皮肤，导致毛囊、汗腺、皮脂腺感染，形成肛门周围皮下脓肿与肛窦相通，而成肛瘘。

3. 新生儿受母体激素失调影响，皮脂腺分泌亢进，引起肛门皮脂腺炎，感染形成肛周皮下脓肿与肛窦相通，而致肛瘘。

4. 近年来，有人认为新生儿生理性缺乏免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白A(IgA)等，免疫机能不全，易发生肛门感染，形成肛瘘。

预防肛瘘的关键在于及时发现并采取正确的治疗措施。肛周脓肿是肛瘘的根本原因，其成因包括肛门直肠周围脓肿破溃或切开不当、括约肌压迫、直肠内压力、感染物质进入、瘘道引流不畅、肛门静脉回流不畅、特异性感染等。

男性易患肛瘘与性激素影响有关。青春期，男性皮脂腺，尤其是肛腺开始发育增殖，易感染引起肛腺炎。而女性肛管导管较直，分泌物不易淤积，肛瘘发病率较低。

治疗肛瘘的方法包括药物治疗、手术治疗等。药物治疗以抗生素为主，手术治疗包括瘘管切开、瘘管切除术等。

日常保养方面，应保持肛门清洁卫生，避免过度用力排便，注意饮食清淡，避免辛辣刺激性食物。

若出现肛门不适、疼痛等症状，应及时就医，避免延误病情。