第一，病因复杂。很多发病原因不消除导致本病复发。

第二，慢性前列腺炎合并生殖器疱疹：机体免疫功能的持续改变增加了机体全身与生殖道各种并发性感染机会，慢性细菌性前列腺炎、不明感染原因的慢性炎症型前列腺炎因为生殖器单纯疱疹病毒感染的持续存在而更加难以控制炎症；病毒本身刺激机体产生大量炎性因子的结果使得本来炎性因子水平就很高的包括前列腺痛、慢性骨盆疼痛综合征的各型慢性前列腺炎症状难以消除改善。随着生殖器单纯疱疹发病率的日渐增多，慢性前列腺炎特别是炎症型患者，其炎症特别难以控制，病情特别容易反复！

生殖器单纯疱疹病毒感染以及对机体免疫功能有更加破坏力的其它病毒性疾病如艾滋病病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒等感染造成的机体免疫功能下降，情况更加复杂。

第三，慢性前列腺炎合并二型糖尿病或者胰岛素升高：目前代谢综合征的发病年龄有逐渐降低的严峻趋势，这一类患者由于空腹血糖的偏高，机体感染细菌的机会增加，抗生素使用的效果相当差，给临床医生带来了极大的挑战。

第四，多重性伴侣：一边在积极就诊治疗慢性前列腺炎，一边在搞多重性伴侣，一边在使用抗生素拼命驱赶细菌一边又在通过多重性伴侣感染微生物，没有个完，糊涂人生！

第五，久病造成不同程度的心理障碍，对慢性前列腺炎综合症的不正确认识等等都严重影响了疾病的康复，加上民营医疗机构与个别医生对慢性前列腺炎患者进行反复恐下洗脑、宣传一滴精液十滴血，宣传慢性前列腺炎会断子绝孙，会造成性功能丧失殆尽，这些患者背上沉重的思想负担，精神神经症状特别严重，个别患者无病呻吟甚至从外地攀枝花找我就诊，真是十分同情，有这种唯前列腺人生论的，病情很难控制。

第六，全民治疗慢性前列腺炎：不管是内科医生还是泌尿男科、中医科医生、还是社区全科医生、甚至街上药店的药师，不管了不了解慢性前列腺炎的发病机理种类，都在不断不停地给迷途的患者介绍种种药物。

第七，药物渗透理论的难度：很多抗生素很难渗透弥散进入前列腺腺体细胞而完全杀灭细菌。研究这么多年发现能够满足脂溶性的、药物通过生物膜主要依赖非离子型部分的多少、离子捕获现象(Iontrappmgphenomenon )容易发生在前列腺腺管内等等条件的抗生素只有喹诺酮类抗生素、磺胺、利福平、美满霉素等理论上渗透浓度高。

第八，抗生素：（1）由于长期不规范不合理使用抗生素，导致细菌对抗生素耐药。（2）对抗生素种类的选择不正确，导致治疗效果差。（3）由于前列腺腺体腺管解剖组织结构的特殊性，特别是岛型炎症与钙化灶的星罗棋布的存在，使得原有的前列腺药物渗透理论大大地改变了，增加了治疗难度，因此临床实际应用尚有很大的差距。（4）抗生素的使用疗程不够：现阶段特别是公立医院抗生素的使用有严格的控制，但由于慢性前列腺炎的特殊离子渗透理论，很多医生没有认识到这一点，所以治疗效果不理想。

第九，旧的生活工作习惯如久坐长期驾车骑自行车骑马放牧，久上网，不停的不洁性生活导致盆腔充血后尿道前列腺精囊射精管长期处于充血状态，激若阿尔法受体造成后尿道梗阻，只要梗阻不除就会不断出现尿液反流,就会不断形成化学性前列腺炎或带细菌返流形成新的感染灶，而且慢性前列腺炎患者往往伴有膀胱功能异常如不稳定性膀胱、低顺应性膀胱、膀胱收缩乏力等等复杂情况，必须借助于尿动力学检查，这就是慢性前列腺炎综合症极其难以治疗的原因之一。

第十，目前更多强调的需氧菌的感染，而大量厌氧菌、细菌 L 型感染、病毒感染等等不明原因的感染难以发现，而一般的医生往往治疗抗生素使用局限于需氧菌的诊断治疗。

第十一，由于感染、尿液反流、滥用抗生素、心理因素、饮食结构偏差导致前列腺局部锌乃至整个生殖系统锌的缺乏与丢失，而锌与前列腺抗菌因子及免疫功能密切相关，以分泌型 IgA(SIgA )升高为主，因此前列腺免疫功能始终处于异常状态。

第十二，往往在系统治疗前由于不同的医疗机构设备、医生的技术水平偏差造成检查不充分与检查结果的偏差，要知道医院实验室是医生的眼睛，这也是综合性医院与私人诊所的巨大差别所致！

第十三，慢性前列腺炎患者往往在门诊治疗缺乏综合治疗。

第十四，中国的酒文化非常盛行、一代影响一代，研究表明持续喝酒除了造成前列腺精囊后尿道反复持续的充血以外，最重要的是乙醇会促进锌的排泄，造成前列腺锌的严重缺失，因而其抗菌与自身修复能力大打折扣。

第十五，持续治疗中，存在有毒中药、重金属农药化工污染的中药、非道地中药材对男性机体毒害的隐患。