肺炎链球菌肺炎治疗最重要的就是抗生素的选择，临床治疗中不必等待细菌培养的结果，首选抗生素是青霉素 G ，剂量根据病情轻重而定，重症并发脑膜炎最大剂量可以使用达到 1000 万－3000 万 U/d，如果患者有青霉素过敏或者所感染细菌对青霉素耐药，可以使用喹诺酮（左氧氟脑沙星、莫西沙星等），也可以使用三代头孢（头孢曲松等）。而万古霉素是多重耐药菌的最后防线，需要谨慎使用。

治疗中要给予足够的热量、蛋白质、维生素，水和电解质，慎用解热药物（阿司匹林、氨基比林等）避免脱水性休克。治疗中警惕并发症的发生，如：脓胸、心包炎、脑膜炎、心包炎及关节炎的发生。