长效避孕药可能会对月经周期产生影响，但通常不会引起头疼。然而，不规律的用药方式可能会增加头疼的风险。建议患者遵循医嘱的用药频率，并在出现头疼时采取适当的缓解措施。同时，需要注意长效避孕药可能带来的其他副作用，例如乳房胀痛和情绪波动。如决定停止使用，应注意月经不规律的可能性，并继续使用其他避孕方法直到月经恢复正常。