先天性红细胞生成异常性贫血（CDA）是一种罕见的遗传性血液疾病，与地中海贫血、不发作型阵发性睡眠性血红蛋白症（PNH）、巨幼细胞贫血等疾病存在相似之处，因此在诊断过程中需要进行鉴别诊断。

首先，CDA应与地中海贫血进行鉴别。两者都有家族性，都可能出现单纯贫血、黄疸及珠蛋白肽链的异常。但地中海贫血患者可有所谓“地贫面容”、网织红细胞增高、红细胞寿命明显缩短、切脾治疗效果佳等特点；而CDA可有染色质“桥”、红细胞“鬼影”、巨大/多核红细胞以及HEMPAS抗原和i抗原的改变等，借此可区分两种疾病。如果将来对典型CDA患者做红细胞基因检查，无疑将更有助于鉴别。

CDAⅡ型应与不发作型阵发性睡眠性血红蛋白症（PNH）进行鉴别。两者都可出现酸溶血试验阳性，但PNH红细胞对补体敏感的机制与CDA截然不同：PNH是由于磷脂酰肌醇糖苷A类（PIG-A）基因异常导致血细胞膜上磷脂酰肌醇（GPI）锚接蛋白量少，进而影响补体调节；而CDA却是由于HEMPAS抗原。因此，可以通过测定红细胞膜上的补体调节蛋白（DAF、CD59）来鉴别两者。此外，PNH病在造血干细胞，特别是不发作型，往往表现为全血细胞减少和骨髓增生不良，这也可以与CDAⅡ型相区别。

CDA与巨幼细胞贫血的鉴别主要依赖于病史（包括营养史和家族史）以及叶酸或（和）维生素B12的治疗反应。CDA与骨髓增生异常综合征和白血病的鉴别主要依据后两者为恶性病、往往累及全髓（全血细胞），且有病理、组化、染色体甚至癌基因的异常等。

在诊断CDA时，除了进行血液学检查外，还可以进行以下检查：

1. 红细胞遗传学检查：可检测HEMPAS基因突变，有助于确诊CDA。

2. 红细胞膜蛋白检测：可检测HEMPAS抗原和i抗原，有助于确诊CDA。

3. 红细胞酶学检测：可检测GPI锚接蛋白，有助于确诊CDA。

4. 红细胞流式细胞术检测：可检测CDA相关的细胞表型改变，有助于确诊CDA。