新疆医科大学第一附属医院昌吉分院，前身为昌吉市第二人民医院，是一所非营利性综合性二级甲等医院。自2014年12月起，新疆医科大学第一附属医院与昌吉市人民政府签署托管合作框架协议，对昌吉市第二人民医院进行为期30年的经营管理，共建新疆医科大学一附院昌吉分院。医院由科级升格为副县（处）级，占地面积138亩，建筑总面积8.8万平方米，核定床位800张（实际开放床位573张），内设26个临床科室，7个医技科室，10个职能大部，1个健康管理中心。 其中，心血管内科专业、骨科专业和肝胆专业是医院3个市级重点学科，医院还设有州级高层次人才工作室、市级高层次人才工作室以及州级重点人才项目。在学科发展中，新疆医科大学第一附属医院昌吉分院充分发挥新疆医科大学第一附属医院优势学科影响力，重视“心血管内科”、“骨科”等基础学科的梯队建设；强化“妇科”、“产科”、“儿科”的一体化发展；突出“微创外科”、“介入治疗”、“皮肤科”等特色诊疗；结合昌吉当地医疗市场，主动开拓“神经医学”、“新生儿”、“生殖助孕”等稀缺学科；积极探索“美容整形”、“心理医学”等顺应百姓要求的朝阳学科。 医院拥有口腔CT、大宝石CT等国际先进水平的高精尖设备，实现了全院内部联网，门诊就诊“一卡通”，基本实现医院办公自动化，临床医疗水平日益提高。在管理上，新疆医科大学第一附属医院昌吉分院大胆创新，临床、医技科室采取病区式管理，行政、职能采取大部制管理。 医院竭力为患者提供便捷、高效的医疗服务。为昌吉分院患者开通“转诊绿色通道”，保证来院疑难危重患者能享有第一时间的高效救治。借助一附院本部远程医学优势，为分院患者开辟远程诊疗绿色通道，使当地百姓足不出户即可享受省级知名医院和国内知名医院专家的会诊。 新疆医科大学第一附属医院昌吉分院在积极倡导构建“生态医院”的同时，不断改善、优化患者就医环境。“无烟医院”、“平安医院”建设取得显著成效。医院将继续按照与一附院本部统一规划、一体发展的工作思路，努力建设成一所基本医疗服务与高端医疗服务兼有，特色医疗与健康服务并举、大专科、小综合、强基本、创品牌，中亚有较大影响的新型医院。科室名称包括心血管内科、骨科、妇科、产科、儿科等，科室医生数丰富，科室推荐专家包括温浩、丁岩等名医，马依彤、王云海、曹力等学科带头人。。
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