很多肠道菌群已经失调或者说有一些疾病的孩子们，在刚刚开始补充益生菌的最初 1-4 周，会出现“好像病症加重”的现象， 这种现象叫赫氏消亡反应。
赫氏消亡反应多久才能改善？
首先， 80%以上的健康人服用益生菌时不会出现赫氏消亡反应。赫氏消亡反应多发生于肠道菌群已经失调的患者。服用益生菌产生的赫氏消亡反应通常时间不长，大多数人几天至 2 周(极个别严重者会最长持续到 4 周)就会消失，从而转向身体康复阶段。
对于肠道菌群已经被破坏得很厉害的人群，赫氏消亡反应就可能就会很厉害。如果赫氏反应太厉害(如念珠球酵母菌和艰难梭菌感染者)，身体可能难以承受，可以采取的方法是先将益生菌的摄入量减半服用 1 周后，再逐渐增减益生菌的摄入量。国外专家已经用这种方法通过益生菌治疗好了一部分念珠球酵母菌或艰难梭菌的感染者。
另外，请注意在服用益生菌的时候是否一下子摄入了过多的膳食纤维。如果您一下子就食用过多的膳食纤维，如全谷食物、蔬菜皮等，会促进肠道益生菌突然间大量繁殖，有害菌大量死亡释放毒素，肠道难以一下子适应这种情况。此时，可以适当减缓改变饮食的速度。
服用益生菌产生的赫氏反应通常并不严重，一般不需要接受治疗。但有时赫氏反应较容易和过敏反应弄混。一般服用益生菌产生的赫氏反应集中在肠胃胀气、排气较多、大便不成形等症状。个别人会出现发热、寒战、头痛、皮肤出痘痘等症状。而过敏反应的主要症状是哮喘，严重者有便血，脱水等症状。
服用的益生菌的改善是一个渐变过程
通过跟踪检测益生菌服用者体内肠道菌群的变化，临床试验研究表明，如果按疗程(一个疗程 12 周)服用定量的益生菌，则这些益生菌在人体肠道内有如下的生长变化过程:
1、 竞争期 1-4 周
在开始服用益生菌的 1-4 周内，益生菌会和肠道内已经存在的有害菌及中性菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。这也是细菌们在肠道里战争的惨烈阶段，赫氏消亡反应也会发生在这一阶段。有害菌死亡时会释放大量毒素和其它代谢产物，抑制益生菌生长及对人体造成不适，益生菌也会释放大量细菌素(bacteriocin )和各种有机酸来消灭有害菌。双方的死亡量都较大。
2、优势期 4-8 周
由于坚持服用益生菌，这相当于在战争中不断补充援军，在 4-8 周这个阶段，益生菌会逐渐占领上风，这时肠道内的有害菌数量已经低于益生菌，有害菌释放毒素和其它代谢产物的量也被大大减低，同时外来的益生菌也会帮助体内原有的有益菌生长起来，和体内原有的有益菌进行协同作用，维护肠道健康。所以这个时候人体会开始感受到病症的改善。
3、巩固期 8-12 周
继续坚持服用益生菌，益生菌和体内原有有益菌一起协同作用，在肠道内的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。人体对病症的改善的感觉也可能越来越明显，但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是极其顽强的。研究显示，大部分肠道有害菌都有较强的耐酸碱性，耐胆汁和酶解的特性。
有些有害菌还会产生孢子(休眠的细菌细胞，但有及厚的特殊细胞壁保护，抗各种恶劣环境能力极强)或生物膜(细菌团体分泌的胞外多糖聚合物保护膜，对细菌有极强的保护作用)，在处于生长劣势时这些有害菌会以孢子及被生物膜保护的休眠状态下继续存活。这样的有害菌即使连抗生素也无能为力，研究显示，只有益生菌这样的生物武器才是目前对付这种有害菌的唯一办法。所以服用益生菌一定至少要坚持到 12 周（即 3 个月），使益生菌和体内其它有益菌的优势最大化。
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