医院始建于1958年，原名为“北京南郊红星医院”，2003年成为大兴区卫生健康委直属的公立二级综合医院，更名为“北京市大兴区红星医院”，2016年8月和10月分别获得北京市中医管理局和大兴区编办批准，正式转型升级为三级中西医结合医院并更名为“北京市大兴区中西医结合医院”。2016年同步向康复医院转型，是北京市首批六家康复转型医院之一，2019年顺利通过北京市卫生健康委评审验收，2019年底又挂牌北京市大兴区康复医院，2020年顺利通过北京市中医药管理局三级甲等医院评审验收。医院是大兴区康复专科医联体核心单位，大兴区康复质控中心主任委员单位，大兴区老年健康和医养结合服务指导中心。是陕西中医药大学教学医院、河南科技大学教学医院、天津中医药大学教学医院，中国康复医疗机构联盟常务理事单位、北京市老年友善医院、郑州大学吞咽障碍研究所临床科研基地、第三批颜正华临床中药学学科服务基地、全国肌骨超声应用协作组培训基地、北京中西医结合学会肌骨超声培训基地，是北京市救助管理总站、北京市未成年人救助保护中心及北京市第二未成年人救助保护中心三家市级救助管理机构定点医院。获得“北京市职工创新工作室”、“首都文明单位”、“平安医院”、“爱婴医院”等荣誉称号。2023年参加京衡中医药协同发展“名片”工程，与衡水市武邑县中医医院结成医联体。“北京市大兴区中西医结合医院”位于大兴区东北部，与亦庄经开区交界，在经开区综合配套区域内。地处美丽的南海子公园内，医院建筑面积为近4万平方米。。
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