精神分裂症的确切病因和影响因素至今仍不确切，发病机制仍不清楚。生物、心理、社会因素对精神分裂症的发病都起着重要作用。

在各种因素中，遗传因素最具影响且有强有力的证据支持，且血缘关系越近，患病率越高，但是容易患病，并不等于肯定会得病。另母亲怀孕期间感染、营养不良、药物使用或心理压力等因素可能增加儿童患精神分裂症的风险。亲子关系不良、童年创伤，社会压力等也可能对精神分裂症的发生有影响。此外，脑内多巴胺功能亢进、5-羟色胺代谢障碍、谷氨酸功能不足等神经递质的异常变化，以及额叶和颞叶结构异常、海马体等神经发育问题，都可能与精神分裂症的发生有关。除了以上遗传、环境、神经生物因素，患者的病前性格多具有内向、胆小、喜欢幻想、思维缺乏逻辑性等“分裂样人格”和过分敏感、自我专注、容易猜疑（缺乏根据地将周围的人或事误解为敌意或轻蔑）、固执己见等“偏执型人格”的特征，是精神分裂症发病的重要的内在因素。另外文化水平低、无职业或收入低、独居、未婚、朋友很少等社会隔离以及应激事件刺激等，可能会促使精神分裂症的发生。

需要注意的是，精神分裂症并不是由单一因素引起的，而是多个因素相互作用的结果。