矮小的原因很多，也很复杂。

大概 60%-80%的矮小患儿，目前为止搞不清楚原因，除了身材矮以外，没有其它的病理的因素存在，生长速度、骨龄是正常的，称之为特发性矮小。

还有大概 20%-40%的，可能是由于疾病造成的。按照病因分类：

• 内分泌疾病是一大类的：比如生长激素缺乏，甲状腺功能低下，性早熟，垂体激素缺乏引起的功能低下，肾上腺疾病，这种内分泌的疾病，可以使身高矮小。
• 染色体疾病：最常见的就是唐氏综合征；女孩特有的先天性的卵巢功能发育不全，又叫 Turner 综合征；孩子长的又矮又胖，智力还不行，性发育还落后的，叫 Prader-Willi 综合征。
• 骨骼系统的疾病：比如骨和软骨的发育障碍，软骨发育不全，骨发育不全，干骺端发育不全等等。

全身性的慢性疾病：比如先天性心脏病、肾脏疾病、消化系统的疾病，长期的腹泻，营养性的疾病，长期的营养不良，慢性的贫血等等，任何系统的长期的慢性的疾病，最终对儿童来说，都会影响他的生长发育，造成矮小。

宫内发育迟缓：新生儿出生体重低于两千五百克，可以是早产的低体重儿，也可以是足月的小样儿，这样的儿童也可以造成日后体格的矮小。

精神社会性矮小：由于精神方面的因素，情绪的障碍等等，会影响到孩子生长速度，时间长了以后也可以造成身材矮小。

还有遗传代谢性疾病导致的儿童矮小，所以矮小的原因太多了,错综复杂。