泌尿生殖系结核是一种严重的疾病，手术治疗仍然是其重要的治疗手段。手术治疗与药物治疗相辅相成，包括切除结核病变和重建手术。通常在药物治疗至少2~4周，血沉及病情稳定后方可进行手术治疗，术后还需继续抗结核药物治疗6~9个月。

肾切除术是治疗泌尿生殖系结核的主要手术方式之一，适用于无功能的结核肾、肾实质广泛破坏、结核性脓肾或反复继发感染、合并难以控制的高血压、结核合并肾细胞癌者。选择肾切除术的原则是根据肾脏功能破坏的程度和范围来确定切除的侧别和范围。肾切除前应行CT或核素检查了解对侧肾功能，并在抗结核药物治疗至少2~4周后择期手术。推荐使用腹腔镜或机器人辅助腹腔镜结核肾切除术，也可选择经腰部切口开放肾切除术。术中应注意保护肾脏，尽量切除病变的输尿管以及肾周脂肪，减少动静脉瘘的发生。术后需继续抗结核药物治疗6~9个月。

肾部分切除术适用于局限性钙化病灶、经药物治疗无明显改善或钙化病灶逐渐扩大而有破坏整个肾脏危险者。手术方式包括腹腔镜或开放肾部分切除术，术中切除无功能的部分肾脏或受结核累及的病变组织。术后需继续抗结核药物治疗6~9个月。

B超或CT引导下穿刺引流术适用于结核性肾脓肿或肾积水合并感染，抗结核药物不能控制时。手术包括经皮肾脓肿穿刺或肾穿刺造瘘术，吸出脓液并置管引流，术后需进行规律抗结核药物治疗。

输尿管成形手术适用于输尿管狭窄的治疗，手术方式根据狭窄部位和狭窄程度来决定。早期病变可留置双“J”管，通畅引流，减轻肾脏积水。同时辅以抗结核治疗，可使病变稳定或痊愈。手术时机是在应用抗结核药物至少6周后，全身活动性结核症状基本得到控制。手术方式包括内镜下扩张或内切开术、开放、腹腔镜或机器人辅助肾盂离断成形术、输尿管中段狭窄段切除再吻合术、回肠代输尿管术等。术后需留置双“J”管引流4~6周，并继续抗结核药物治疗6~9个月。

膀胱结核的早期可选用规律抗结核药物治疗，随着病情进展，出现膀胱挛缩时则需尽早外科干预治疗。膀胱扩大手术和尿流改道手术是两种主要的治疗方式。膀胱扩大手术适用于挛缩膀胱，在切除结核肾及抗结核治疗3~6个月后，如无严重的肾功能不全，肌酐清除率不小于15ml/min，可行回肠或乙状结肠膀胱扩大术。尿流改道手术适用于伴尿失禁或膀胱颈、尿道狭窄者，根据患者病情选择输尿管皮肤造口或回肠膀胱或肾造瘘术。术前患者需接受至少4周的抗结核药物治疗，并在有效的抗结核药物治疗基础上进行手术治疗。

男性生殖系统结核的治疗包括附睾切除、输精管高位切除、残端结扎术等手术方式。手术前至少使用抗结核药物2周，术中应尽可能保留正常的睾丸。墨丸结核的治疗方式与附睾结核类似，手术方式为附睾及睾丸切除术。术前应至少使用抗结核药物2周。

并发症的治疗包括肾和输尿管积水的治疗、膀胱结核、膀胱挛缩的治疗、尿道狭窄的治疗等。肾和输尿管积水的处理根据肾积水程度及肾功能情况而定，早期进行尿液分流对保留肾脏功能有显著的意义。膀胱结核、膀胱挛缩的治疗方式已在前述中提及。尿道狭窄的治疗应先采用药物治疗，待结核治愈后再行尿道扩张，伴尿道外口狭窄者可行尿道外口切开术。中重度尿道狭窄在抗结核治疗4~6周无效后，可采取手术治疗，包括狭窄切除、尿道吻合术、内镜下尿道内切开术、皮瓣法尿道成形术等。狭窄段长且膀胱挛缩明显者，则需行尿流改道手术。