腰椎间盘突出症的椎间盘摘除手术虽然疗效较为肯定，但手术过程中及术后仍可能出现许多并发症，增加病人痛苦，甚至导致患者因手术并发症致残和死亡。尤其是肥胖患者腰椎手术后并发症风险增高。

其中一个常见的并发症是手术后疼痛依旧。新近研究发现，椎间盘组织的I、II型胶原、糖蛋白和软骨板基质具有自身抗原性，腰突症患者存在着细胞免疫和免疫反应的异常。手术后使椎间盘组织的自身抗原暴露，而引发自身免疫性炎症反应而导致腰腿痛复发。同时，椎板切除后为瘢痕修复过程，导致椎板切除部位硬膜及神经根周围的纤维化，大量的瘢痕使硬膜和神经根周围的组织、骶棘肌粘连在一起，牵拉、压迫神经而引起临床症状。对此，医生们建议严格掌握手术适应症，采用保守疗法，寻求非手术治疗腰突症，除腰突症发生马尾综合征外，只有当保守治疗无效时才考虑手术治疗。

另一个常见的并发症是神经损害。双侧混合神经根症状或假性神经根症状，而且出现多个神经根混合不清的症状表现。如果病人出现神经功能缺失，灼性神经痛等严重神经损害，就确定不是PDS，而是手术本身导致的。对此，局部注射类固醇疗效优于全身用药，急性疼痛期按摩和牵引常常使症状加重；背部固定器有改善症状作用。如果没有瘢痕中的再突出，大部分PDS病人随着时间推移症状会减轻。再手术仍有4％―10％的病人存在比较严重症状。

此外，椎间盘感染也是一个需要注意的并发症。术后至椎间隙感染确诊日期,最短者为3天,最长者为25天,平均为11天,多数为9～14天，合并椎间隙感染的主要表现 腰腿抽搐样疼痛。治疗上，选用足量抗生素并给以全身支持疗法。在全身与局部症状消退后还需口服抗生素4～6周。局部引流： 对神经根刺激症状明显，难以忍受者，可行椎间盘穿刺抽吸，或留置塑料管引流。手术治疗：手术适用于已出现截瘫的患者。手术方法有两种：椎板切除减压术和病灶清除术。部分慢性病例症状反复出现，对出现脊椎不稳定表现者，可做病灶清除术或脊柱融合术。