1. 全面的不孕症检查，该类患者 需要按照不孕的诊疗路径进行全面的不孕症检查，排除其他不孕因素。

2. 腹腔镜手术探查+治疗

在排除其他不孕因素后，可以选择腹腔镜手术探查+治疗。这种手术可以提高患者的妊娠率，明确内异症诊断，对内异症的严重程度以及不孕的预后进行评估，有助于决定相应的生育指导。

3. 囊肿剔除术

手术首选囊肿剔除术，尽可能去除内异病灶，减少复发率、提高患者术后妊娠率。当然，考虑到对患者卵巢功能的保护，手术医生在尽可能完整剥除囊肿同时，会尽可能保护正常卵巢组织。

4. 术后处理

术后处理主要依据年龄、术中对内异症类型、分期(r-AFS)情况和生育指数(EFI)评估，选择期待治疗、或/和药物、辅助生育技术助孕。

通常对于I～II期的内异症（通常不合并有“卵巢巧囊”），年轻，卵巢功能良好，不孕年限不长（<3年）可以期待或采用宫腔内人工授精助孕；如果评估为III～IV期的异位症，一般都合并“卵巢巧囊”，通常会建议用GnRH激动剂降调一段时间后，采用试管婴儿助孕。

对于内异症复发或卵巢储备功能下降者，建议首选辅助生殖技术助孕，不要再耽误时间。这些都是直奔主题，采用成功率最高的助孕方法。

总的来说，对于巧克力囊肿合并不孕症的处理，需要根据具体情况进行个体化治疗，同时也需要密切关注患者的身体状况和反应，以便及时调整治疗方案。如果您有任何疑虑或者问题，建议您寻求医生的专业建议。记住，关爱自己的身体，是每个女性都应该做的事情。