传统的治疗方法是手术开窗后病灶刮除加植骨或植入骨替代材料，但有报道此法复发率高达 20%～30%；有人采用骨膜下囊肿切除、骨膜管内植骨术，治愈率达 95%，但手术复杂，损伤较大，目前很少应用。

其他方法有经皮穿刺抽出囊内液后，注入乙酸甲泼尼龙 40~120mg，每 2~3 个月注药一次，一般 3~6 次；还有人在经皮穿刺抽出囊内液后注入自体骨髓治疗：经皮多根克氏针囊肿穿刺长时间留置治疗，其目的是将囊肿内液经针引流至皮下吸收，而生长新骨达到愈合，本疗法时间较长，约 1 年。

骨囊肿相对比较容易复发；如果没有特殊症状不着急手术，微创的办法包括往里边打激素类的药，或者注射骨髓，希望能够促进骨囊肿骨质的愈合，或者是骨囊肿的范围的缩小，总体来说如果没有明显的症状，或者不是特别严重还是以保守治疗为主。