通常早期症状不明显，随着囊肿的发展或者体积的变大，患者常常会表现不同的症状，多发性或体积较大的肝包虫囊肿，常有体重减轻和贫血等现象，少数儿童和青年并有发育不良。

由于慢性、长期地吸收包虫性物质，可有恶液质现象。囊肿对周围脏器压迫也是渐进的，若压迫或刺激上消化道，则有恶心、呕吐、胃纳不佳、食后饱胀等，囊肿可推膈肌而压迫胸内脏器，出现轻重不等的呼吸困难、咳嗽及心悸。肝门区域的包虫囊肿压迫胆管时，则有黄疸和出现与胆囊炎相似的征象；门静脉受压则可产生腹水、腹壁静脉及食道静脉曲张；腔静脉受压，常有下肢浮肿及腹水现象。位于肝后的包囊，常有腰区胀痛。在结肠前和结肠后的包囊，均有压迫结肠的可能，产生低位梗阻症状。肝顶部的包虫囊肿常有胸膜渗液现象，约 8～10%病人存在此征。此外，囊肿在生长过程中可能和周围脏器粘连，出现一系列胃肠道粘连症状。