肛周脓肿是否会形成肛瘘主要和肛周脓肿时期的治疗方式有关。

通过医学专家大量的研究统计发现，若肛周脓肿时行抗生素药物口服或静滴、鱼石脂软膏外敷处理，脓肿消失或自行破溃，或肛周脓肿时行单纯的切开引流处理的这些病人，有有 95%的会形成肛瘘。这部分病人都是因为肛窦处感染所致的肛周脓肿，因肛周脓肿的原发感染灶内口处未行切开处理，故脓肿易复发或出现破溃，切开处反复流脓血水的肛瘘症状。有 5%左右的少量肛周脓肿病人经过上述治疗不形成肛瘘，主要原因是此类病人为非肛窦处感染所致的脓肿，若肛周脓肿采用一次性根治术，术中切开脓肿引流的同时，一并处理原发感染灶内口，只要术中内口探查准确，术后手术创面引流通畅，就不会形成肛瘘。

通过研究统计结果来看，虽然肛周脓肿不一定会全部发展成为肛瘘， 但是研究的结果告诉广大病友，患肛周脓肿时最佳的治疗方式还是肛周脓肿根治术。