枸橼酸芬太尼注射液作为一种强效镇痛药，在医疗领域有着广泛的应用。它主要用于麻醉前、中、后的镇静与镇痛，是目前复合全麻中常用的药物。

然而，任何药物都存在一定的副作用。使用枸橼酸芬太尼注射液后，患者可能会出现奥荻氏括约肌痉挛、恶心、呕吐等不良反应。在静脉注射速度过快时，还可能引起胸壁肌强直。一般的不良反应还包括眩晕、视物模糊、低血压、胆道括约肌痉挛、喉痉挛及出汗等。虽然偶有肌肉抽搐的情况，但严重副反应为呼吸抑制、窒息、肌肉僵直及心动过缓，如不及时治疗，可发生呼吸停止、循环抑制及心脏停搏等。

此外，枸橼酸芬太尼注射液有成瘾性，但较哌替啶轻。需要注意的是，支气管哮喘、呼吸抑制、对本品特别敏感的病人以及重症肌无力病人禁用。同时，禁止与单胺氧化酶抑制剂（如苯乙肼、帕吉林等）合用。

在使用过程中，心律不齐病人应慎用。静脉注射时可能引起胸壁肌肉强直，一旦出现，需用肌肉松弛剂对抗。静注太快时，还可能出现呼吸抑制。烯丙吗啡能对抗其呼吸抑制作用。且镇痛作用随之消失。本品为国家特殊管理的麻醉药品，务必严格遵守国家对麻醉药品的管理条例，医院和病室的贮药处均应加锁，处方颜色应与其他药处方区别开。

对于运动员而言，使用本药品也应谨慎。在给药前，务必先试用小剂量，以避免难以预料的严重并发症。心律失常、肝、肾功能不良、慢性梗阻性肺部疾患，呼吸储备力降低及脑外伤昏迷、颅内压增高、脑肿瘤等易陷入呼吸抑制的病人慎用。

在储存方面，枸橼酸芬太尼注射液应遮光，密闭保存。对于药液，有一定的刺激性，不得误入气管、支气管，也不得涂敷于皮肤和黏膜。