脑脊髓在正常情况下是清洁、无菌的环境，由于各种原因引起细菌、病毒、真菌等病原微生物感染导致的炎症，就称为脑脊髓炎。

首先需要明确脑脊髓炎的致病的病原微生物，这样才可以进行有针对性的治疗。最常用的方法是经过腰椎穿刺，留取脑脊液标本进行细菌病原学培养，找到致病病原微生物，从而有针对性的选择治疗药物。在这种情况下，大多数脑脊髓炎可以得到良好的治疗效果。

但由于脑脊髓部位比较深，大多数常见的抗菌素不能进入脑脊髓，所以抗菌素选择的范围会比较小，抗菌药物的剂量往往比较大，而且治疗的疗程也比其他部位更长，治疗的效果相对也更差。如果在感染非常严重的情况下，可以辅助其它的治疗方式，如采用引流感染脑脊液的方法促进正常脑脊液的生成，加速感染病灶的清除和脑脊液的廓清，从而达到治疗脑脊髓炎的效果。