功能性胃肠病药物治疗主要是对症治疗，也就是说有什么症状用什么药。
如果以反酸烧心为主的，可用一些抑制胃酸分泌的一些药，也就是质子泵的抑制剂，常用的奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑等等，把胃酸控制下来之后，症状也能明显的好转了。
如果以消化不良为主的，可用一些促动力药，最常用的就是莫沙必利、伊托必利。
有些人以阵发性的腹痛，或者是觉得腹部经常会咕噜咕噜叫，腹鸣为主，或者是有些腹泻症状的，可用一些胃肠道的一些解痉的药，或者是胃肠道双向调节的一些药物，譬如匹维溴铵、马来酸曲美布汀等等药物来处理。
如果以便秘为主，可用一些缓泻剂，比如乳果糖，聚乙二醇电解质散。
有些人有焦虑症状，如果常规的一些消化道的药物不能发挥作用，可能会给他要用一些， 抗焦虑的一些药物。
药物治疗只是辅助治疗，平时生活与饮食调理也非常重要。
第一要注意饮食。在患有功能性胃肠病之后患者一定要重视个人饮食习惯，特别是远离各种刺激性的食物，因为大部分的刺激性食物对于胃肠道都会有影响，也会导致胃粘膜损伤，使得功能性胃肠病的治疗变得更加困难。
第二要注意情绪。如果患有功能性胃肠病，一定要重视个人情绪的调节，因为长时间的处于不良情绪中会影响到胃酸的正常分泌，同时会影响到胃粘膜的修复，使得功能性胃肠病的问题加重。而良好的情绪则可以使得身体修复能力得到提高的同时，胃肠道也可以获得理想的治疗效果。
第三要注意睡眠。根据研究显示，如果长时间的处于缺乏睡眠的环境中会影响到胃粘膜的修复，同时也会成为诱发多种不适的常见原因，所以大家在生活中最好可以保证每天7个小时的睡眠量。
首先要保持良好的心理状态。消除不必要的紧张、担心、恐惧等不良心理状态，树立战胜疾病的信心。保持乐观情绪，心胸宽广、情绪乐观，心情好，胃肠功能就会好。
其次要养成健康的生活方式。生活规律，饮食规律，劳逸结合，积极参加体育锻炼和文娱活动，分散注意力。避免久坐、久站，多进行有氧运动，每周运动 3～5 次，每次运动 30 分钟左右。
第三要注意饮食调理。饮食要清淡，多吃新鲜的蔬菜和水果，多吃粗粮，多喝水，多喝酸奶。避免粗糙、油腻、刺激性食物，忌用冷饮，少食多餐，避免烟酒和咖啡等。避免烟酒及服用非甾体类抗炎药，避免个人生活经历中能诱发症状的食物。
最后可以药物对症治疗。针对胃肠动力紊乱和胃肠内脏高敏感，可以使用调节胃肠运动和减少胃肠道刺激因素的药物。对于有明显抑郁、焦虑障碍的功能性胃肠病患者可以辅以抗焦虑、抑郁药物治疗。事实上，药物无论是处方药还是非处方药，都建议在专业医师指导下使用。
首先要保持良好的心理状态。消除不必要的紧张、担心、恐惧等不良心理状态，树立战胜疾病的信心。保持乐观情绪，心胸宽广、情绪乐观，心情好，胃肠功能就会好。
其次要养成健康的生活方式。建立有规律的生活节奏，定时就餐、定时休息、定时起床、定时排便，以培养出自己健康的“生物钟”。积极参加体育锻炼和文娱活动，分散注意力。避免久坐、久站，多进行有氧运动，每周运动 3～5 次，每次运动 30 分钟左右。
最后要注意饮食调理。饮食要清淡，多吃新鲜的蔬菜和水果，多吃粗粮，多喝水，多喝酸奶。避免粗糙、油腻、刺激性食物，忌用冷饮，少食多餐，避免烟酒和咖啡等。避免烟酒及服用非甾体类抗炎药，避免个人生活经历中能诱发症状的食物。
功能性胃肠病主要以胃肠道症状为主，多数患者伴有焦虑、失眠、健忘、神经过敏、易疲劳、注意力不集中等精神症状。
以食管症状为主的病人会有反酸、烧心的症状。烧心就是在胸骨的后方，有烧灼感。有的病人还会觉得胸骨的后边疼痛，这种情况往往提示可能是功能性的食管为主的疾病，通常是胃食管反流病，功能性的烧心。
有些病人的症状跟胃炎差不多，就是有些嗳气、腹胀，或者是容易打嗝，或者上腹部有隐隐痛，如果经过胃镜检查之后，医生说只是浅表性胃炎，或者是非萎缩性胃炎，这个时候要考虑到可能是功能性的消化不良。
还有一些症状是以下腹部为主的，或者是肚脐周围为主，也脐周或者下腹部的一些隐隐痛，或者是不舒服，还有些人大便不成形，胀气、排气增多或不畅、绞痛等腹部不适，或伴有便秘腹泻等。这种情况可能是肠易激综合征。
需要强调的是这类疾病的确诊依赖于内镜检查和常规的生化检查排除器质性疾病。
功能性胃肠病涉及的部位包括咽、食管、胃、胆道、小肠和大肠、肛门等，因症状特征国际罗马标准有不同命名。
临床上常见的功能性胃肠病以胃食管反流病、功能性消化不良和肠易激综合征最为多见。由于消化道是一个完整的系统，所以常常不同疾病之间症状可以相互重叠。
胃食管反流病典型的表现是"烧心"和反流。由于胃内容物反流进入食道内甚至咽部和口腔。可出现嗓子干痒、口腔异味、声音嘶哑、胸骨后疼痛，容易误诊为心脏疾病的胸痛等。
功能性消化不良主要表现恶心、呕吐、嗳气、打嗝、早饱、饱胀、上腹部隐痛、热灼感、饥饿痛等胃部症状。这些患者内镜检查是常被告知患有慢性胃炎。
肠易激综合征的患者常有大便次数与性状异常的腹部不适或腹痛为主要症状。许多医生就诊断为慢性结肠炎。
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