先天性高位肩胛症可以通过体格、X线、CT、核磁共振成像等检查方式进行诊断。

1.体格检查：医生会观察患者的肩胛骨是否有畸形的情况，并且对患者进行触诊，检查是否有压痛、活动受限等症状。

2.X线检查：这是诊断先天性高肩胛症的一种重要检查方式，该检查可以显示患者的肩胛骨是否有畸形、是否有骨刺等情况。

3.CT检查：主要是利用X线扫描的方式对局部进行检查，可以判断患者是否存在骨骼病变，比如骨肿瘤、骨折等，有利于医生更好地为患者制定治疗方案。

4.核磁共振成像：核磁共振成像可以辅助诊断患者是否存在肌肉萎缩、神经损伤等情况，有利于医生为患者制定治疗方案。

以上为先天性高位肩胛症常用的检查方式，如果有此类疾病症状和问题，请及时咨询医生获取专业的诊断和治疗方案。