1、严重的呼吸功能或者心功能不全。

2、严重的贫血或者是凝血机制不良。

3、大动脉瘤的病人。经颈或胸途径纵膈镜检查都是绝对禁忌的，因为瘤体时刻有自行破裂的可能性。

4、以前曾做过劈开胸骨开胸或者是胸膜固定术者，以及有胸膜炎病史的纵膈镜检查不适宜，因为粘连后不易分割，检查很难成功。

5、严重的颈关节炎，颈部损伤，颈椎强直，不能后仰者。

6、小儿或者是身材十分矮小的，颈部的纵膈隧道，不能置入纵膈镜的。

7、气管切开刀造口的。

8、巨大的甲状腺肿的。

9、上腔静脉阻塞综合症，是相对的禁忌症，必要的时候人可以进行检查。

在以上的禁忌症患者，则可以考虑应用超声内镜，管内超声和胸腔镜的检查。