对于有心室流出道梗阻的肥厚型心肌病患者，诊断并不困难。超声心动图检查是非常重要的无创性诊断方法，适用于梗阻性和非梗阻性患者。室间隔厚度≥18mm并伴有二尖瓣收缩期前移可以区分梗阻性和非梗阻性病例。心导管检查显示左心室流出道压力差可以确立诊断，心室造影也对诊断有帮助。临床上，出现胸骨下段左缘收缩期杂音时应考虑本病，通过生理动作或药物作用影响血流动力学来观察杂音改变有助于诊断。

在进行鉴别诊断时，需要注意以下几点：（一）心室间隔缺损的收缩期杂音部位相近，但为全收缩期，心尖区多无杂音，超声心动图、心导管检查及心血管造影可以区别；（二）主动脉瓣狭窄的症状和杂音性质相似，但杂音部位较高，并常有主动脉瓣区收缩期喷射音，第二音减弱，还可能有舒张早期杂音。X线示升主动脉扩张。生理动作或药物作用对杂音影响不大。左心导管检查显示收缩期压力差存在于主动脉瓣前后。超声心动图可以明确病变部位；（三）风湿性二尖瓣关闭不全的杂音相似，但多为全收缩期，血管收缩药或下蹲使杂音加强，常伴有心房颤动，左心房较大，超声心动图不显示室间隔缺损；（四）冠心病心绞痛、心电图上ST-T改变与异常Q波为二者共有，但冠心病无特征性杂音，主动脉多增宽或有钙化，高血压及高血脂多；超声心动图上室间隔不增厚，但可能有节段性室壁运动异常。