在许多非感染性慢性肾盂肾炎的病例中，尽管进行了组织学和细菌学检查，但并未发现细菌感染的证据。这些病例通常被诊断为慢性肾盂肾炎，然而实际上，这种情况是由梗阻引起的炎症反应，而非细菌感染所致。组织学上可以观察到灶性或从被膜到髓质的楔形瘢痕及慢性炎症细胞浸润。

当结石合并感染时，会引起结石性肾盂肾炎、肾积脓、肾周围炎、肾周围脓肿等严重后果，甚至可能完全毁坏肾实质。梗阻和感染还会使结石增大，进一步加重肾脏的病变。常见的引起肾脏感染的病菌是大肠杆菌。

黄色肉芽肿性肾盂肾炎通常伴随着肾结石，其特点是黄色瘤样细胞形成黄色斑块。这些细胞为泡沫状组织细胞，聚集成肉芽肿，胞浆内含有脂质，胞核少而圆，偶尔可见少核仁。组织细胞间充满纤维组织、多核巨细胞和丰富的毛细血管，并伴有慢性炎细胞浸润。需要注意的是，在形态学上应与透明细胞癌进行鉴别。有报道称此病与鳞状细胞癌伴发，且多数病例都有尿路感染，尿培养中常见革兰阴性细菌生长。

软斑是一种罕见的肾脏肉芽肿性病变，总是伴随着泌尿系感染和感染性结石。病变呈圆形、软、黄色斑块，可以累及部分或整个肾脏。软斑由泡沫状多角形组织细胞构成（Hanseman细胞），细胞内含有包涵体，即Michaelis-Gutman小体。有人认为其组织来源与黄色肉芽肿性肾盂肾炎相似。