结石的大小，位置和形状决定采取何种治疗方法。结石小于4mm，80%的患者可以自行排出。可以通过多运动及多饮水来促进排石。超过7mm排出的机会就很小。输尿管结石总体排石成功率根据结石所在部位有所不同，上段25%，中段45%，下段70%。如果结石直径超过6-7mm，通常就需要行取石手术。对于有下列症状的患者强烈建议行取石手术：通过各种药物治疗，疼痛不能缓解；持续性梗阻导致长期肾积水、肾功能损害；尿路感染；脓肾或尿路败血症的风险；双侧结石梗阻或孤立肾梗阻性结石。

值得一提的是，不少患者在结石急性发作、症状较重时会提出让医师做急诊手术去除结石。但是这样的做法并不可取，泌尿系结石急性发作期一般以解痉、镇痛、通畅引流及抗感染为处理原则；若梗阻和/或感染较严重，可急诊置入双J管或行经皮肾造瘘来通畅引流。

目前主流的泌尿系结石治疗方法均为微创技术，主要包括体外震波碎石术、经尿道输尿管镜碎石术以及经皮肾镜碎石术。其中体外震波碎石术历史悠久，属于无创治疗，尤其适用于上尿路结石，但是治疗的精准性和效果，相比腔镜下治疗而言稍为逊色。经尿道输尿管镜下激光碎石术是目前临床应用最为广泛的碎石技术，可以一次性治疗肾结石、输尿管结石、膀胱结石，安全有效，创伤小，恢复快。而经皮肾镜取石术主要用于治疗肾结石，尤其是2cm以上的大的肾结石或复杂性肾结石，通过在患者体表做一个0.5厘米的小切口，在超声或X线引导下，在体表与肾脏间建立通道进行碎石取石，结石清除率高，尽管有潜在出血风险，但与传统开放手术相比，安全性更高，恢复更快。