生殖器疱疹好发于 15-45 岁性活跃男女。好发部位为生殖器及会阴部。男性多见于包皮、龟头、冠状沟等处；女性多见于大小阴唇、阴阜、阴蒂、子宫等处；少见部位为肛周、腹股沟、股臀部及阴囊；男性同性恋者常见肛门及直肠受累。

临床上分为原发性、复发性和亚临床三种类型。

• 原发性生殖器疱疹：即首次感染 HSV-1 或 HSV-2。潜伏期为 2-14 天，平均 3-5 天。皮损为簇集或散在的小水疱，2-4 天后破溃形成糜烂或浅溃疡，后结痂自愈。自觉疼痛。常伴腹股沟淋巴结肿痛、发热、头痛、乏力等全身症状。病程一般为 2-3 周。
• 复发性生殖器疱疹：指原发性生殖器疱疹皮损消退后 1-4 月内病情复发，皮损一般于原部位出现。皮损类似于原发性生殖器疱疹，但病情较轻，病程较短，发疹前常有前驱症状；病程一般为 7-10 天，可间隔 2-3 周或月余复发多次。男性同性恋者可累及肛门、直肠，表现为局部疼痛、便秘、里急后重、肛周溃疡等，乙状结肠镜检可见直肠下段粘膜充血、出血和溃疡。
• 亚临床生殖器疱疹：50%的 HSV-1 感染者和 70%-80%的 HSV-2 感染者缺乏典型临床表现，是生殖器疱疹主要传染源。其不典型皮损可表现为生殖器部位的微小裂隙、溃疡等，容易被忽略。