阜阳市第二人民医院始建于1972年，前身为阜阳行署传染病医院。自上世纪80年代起，坚持走“大专科、小综合”的办院之路，1997年，在全国专科医院中，首家按照综合医院标准，通过二级甲等医院评审，成为以“大专科、小综合”为特色的二级甲等综合性医院。本世纪初，发展为传染病“强专科”和其它多学科“大综合”为特色的综合性医院。2011年3月，晋升为安徽省首家、也是目前唯一一家三级甲等传染病专科医院。同时，也是安徽医科大学阜阳临床学院，蚌埠医学院教学医院，多项诊疗技术居阜阳市领先水平，是皖西北地区医疗、预防、教学、研究中心之一，医疗服务范围辐射周边省、市地区。年门急诊总量达40余万人次，住院病人达5余万人次。。
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