临床上确实有部分患者症状反复发作，迁延不愈，病程较长，以往总认为前列腺表面有一致密的脂质被膜，抗生素难以透入前列腺组织，不能达到有效的药物浓度，但随着透入前列腺组织更好的新一代喹诺酮类药物的广泛临床应用，前列腺液中的药物浓度不能说太低，然而其临床效果并没有大幅提高。究其原因，我们分析可能主要有以下几点：

• 慢性前列腺炎也是一个多因素、多病因共同导致的一种疾病，确切病因并不清楚，这就为针对性治疗带来了很大困难。
• 前列腺位置较深，其分泌液需经前列腺管排入尿道后再排出体外。有些前列腺管与尿道成直角或斜行进入尿道，使分泌物不易顺畅排出，尤其在发生感染时，易堵塞腺管，使一些细菌及其代谢产物不能排出体外，使炎症不易消退；相反，在尿道的一些致病微生物容易逆行进入前列腺，又引起感染。
• 慢性前列腺炎日久导致前列腺组织纤维化，形成结节；有的前列腺局部性炎症与周围组织粘连形成瘢痕，缺少血管，这些原因使得药物不易到达，难以起到治疗作用。
• 不规范治疗特别是使用一些未经临床验证的所谓的一些“新疗法”，尤其是有创伤的治疗方法，导致前列腺损伤或感染；或者长时间、高级别和大剂量使用抗生素，引起菌丛失调，致使人体免疫力下降，使条件致病菌或耐药菌株生长，甚至导致真菌二重感染。
• 前列腺“邻里”关系复杂，慢性前列腺炎常与慢性尿道炎、痔疮、精囊炎和睾丸炎等同时并存，互为因果。
• 慢性前列腺炎多发于青壮年男性，正处于性活跃期，频繁的性冲动，如恣情纵欲，或自慰过度，使前列腺反复充血；或未婚青年缺乏规律性性生活，使炎性前列腺液不能及时排出，产生瘀阻，炎症不能消退。
• 不良心理因素的影响。由于过于紧张、焦虑和恐惧，过分关注自己的病情，使得症状时轻时重。
• 其它因素，如患者对治愈该病缺乏信心，对治疗无耐心，如走马灯式的换医生或换医疗机构，或者跟着广告去看病，天天采用“新疗法”。不严格遵守医嘱，不改变不良的生活方式，如嗜食辛辣，喝酒吃辣椒，久坐，性生活无规律等等，致使疾病反复发作，缠绵难愈。